Inicialmente, con el terreno disponible, se propuso fundar un centro de rehabilitación para jóvenes dirigido por un sacerdote, proyecto que no se concretó. Posteriormente, surgió la idea de crear una casa hogar exclusivamente para niñas en situación vulnerable, la cual operó bajo el nombre “Niñas Desamparadas” de 2005 a 2007.

El 26 de junio de 2007, la casa hogar fue renombrada como Casa Hogar Florecitas del Carmen A.C., en honor a la cercanía de la Parroquia Nuestra Señora del Carmen. En 2012, con el apoyo de la Hna. Tomasa Herrera Álvarez, se renovó el personal operativo y se consolidó el modelo institucional actual, abriendo el hogar también a niños y adolescentes en riesgo por pobreza, adicciones familiares, maltrato u omisión de cuidados.

A lo largo de los años, a pesar de los retos, la casa hogar ha seguido creciendo gracias al apoyo constante de amigos y benefactores. Debido a la alta demanda de menores que requieren un espacio digno para vivir, el 9 de octubre de 2018, con el impulso de la Hna. María Herrera y el valioso apoyo de la Sra. María Luisa Morales Solís, se inauguró la Casa Hogar Florecitas Madre Naty en La Laja, Zapotlanejo, Jalisco. Este nuevo espacio está destinado a niñas de educación básica primaria, brindando un entorno acorde a su etapa de desarrollo. Por su parte, en la casa original permanecen adolescentes que cursan secundaria y preparatoria, manteniendo el mismo modelo educativo y valores institucionales.